はじめに
本記事ではRを使い慣れていない人向けに、Rでパッケージをインストールする方法を紹介します。
パッケージのインストール法１
パッケージをインストールは基本的にinstall.packages()関数でおこなうことができます。例えばtidyverseというパッケージをインストールしたい時は以下のコードを実行すればインストールできます。
install.packages("tidyverse")
install.packagesの使い方
install.packages関数を使うときは、( )内にインストールしたいパッケージの名前を「" "」で囲って指定するだけでパッケージをダウンロードすることができます。
install.packages("パッケージ名")
パッケージのインストール法２
基本的なパッケージはinstall.packages関数でインストールできますが、Bioconductorで公開されているパッケージはインストールできないことがあります。
その時はBiocManagerパッケージのinstall関数を使ってインストールできます。
例えばlimmaパッケージのインストールは以下のコードでインストールできます。
(※ BiocManagerパッケージをあらかじめinstall.packagesを使ってインストールしておく必要があります)
BiocManager::install("limma")
BiocManagerとは
BiocManagerはBioconductorのパッケージを管理することができるパッケージで、Bioconductorのパッケージのインストールやバージョン確認などに使われます。
以前までのBioconductorではsource関数やbiocLiteを使ってパッケージのインストールをおこなっていましたが、最近のバージョンでは本記事で紹介しているBiocManagerを使った方法が利用されています。
Bioconductorとは
Rのパッケージは主にCRANとBioconductorの２つのプラットフォームで公開されています。一般的なパッケージはCRANで公開され、バイオインフォマティクスで用いられるパッケージはBioconductorで公開されています。
まとめ
今回はパッケージをインストールする方法を紹介しました。
パッケージ名さえ知っていれば簡単にインストールできるので、面白そうなパッケージを見つけたら積極的にインストールしてみてください！
